常見病：軟腐病，心腐病，病毒病，早疫病，菌核病
軟腐病：本病一般可發生於芹菜幼苗期或移植後生長期。病情嚴重者可引起芹菜腐爛，發出刺鼻氣味。
心腐病：此病可以通過土壤越冬，在下一次種植時，會隨着土壤向植物蔓延。當温度超過36度或低於12度的時候，很容易引起這種疾病。最佳温度是27-30度。與此同時，細菌也可以通過澆水，昆蟲等傳播。
病毒病：主要侵蝕芹菜葉。首先，芹菜葉也會首先出現。這種疾病的主要原因還在於温度過高，過低。温度介於20到25度之間，加上多雨和空氣潮濕，很容易引發這種疾病。
早疫病：與斑點病同為晚疫。在幼苗期和成熟期均可發生。發病的主要原因也是由於高温和潮濕所致。
菌核病：芹菜在整個生長週期內都會患病，發病的主要原因也是由於高温和潮濕所致。
預防措施：
在種植前儘量選擇抗病能力強的品種。
在播種前，將種子用48度温水浸泡約半個小時，可有效地預防種子帶上的病害。
合理施肥，發現病菌及時清除，防止病菌擴散。保持空氣流通，避免潮濕。
可用噴藥預防和治癒疾病。
