少花石斛的常見病害有煤污病，煤污病會嚴重影響葉片的光合作用，造成植株發育不良。炭疽病會危害葉片和莖枝，發病時用50%多菌靈1000倍液或50%託布津1000倍液噴霧2-3次進行防治。還有黑斑病，黑斑病一般在初夏發生，會使葉子枯萎脱落。
少花石斛煤污病防治
煤污病會使整個植株葉片表面，覆蓋一層煤煙灰黑色粉末狀物，嚴重影響葉片的光合作用，造成植株發育不良，主要發病期在3-5月。用50%多菌靈1000倍液或40%樂果乳劑1500倍液噴霧1-2次防治。
少花石斛炭疽病防治
炭疽病危害葉片和莖枝，受害的葉片會出現褐色或黑色病斑，一般發生在1到5月份。發病時用50%多菌靈1000倍液或50%託布津1000倍液噴霧2-3次進行防治。
少花石斛黑斑病防治
感染黑斑病時，嫩葉上會出現黑褐色的斑點，斑點周圍黃色，逐漸擴散到葉片，嚴重時，黑斑在葉片上互相連結成片，最後葉子枯萎脱落。黑斑病常在初夏發生，用1︰1︰150波爾多液或多菌靈1000倍液可以預防和控制黑斑病的發展。
