1、阿拉比卡種，即小粒種。原產地是衣索比亞的阿比西尼亞高原，初期主要用作藥用。2、羅布斯塔種，即中粒種。是在非洲剛果發現的耐葉鏽病品種，較阿拉比卡種有更強的抗病力。3、利比亞種，即大粒種。原產非洲的利比亞，常綠喬木。果實大，長圓形，種皮緊貼種仁，成熟時為硃紅色。
全世界的咖啡豆中，阿拉比卡種的咖啡約佔65%--80%，他絕佳的風味與香氣，使他成為這些原生種中唯一能夠直接、單獨飲用的咖啡。但其對於乾燥、霜害、病蟲害等的抵抗力度低，特別是不耐咖啡最大的天敵——葉鏽病，因而各生產國無不致力於改良品種。
羅布斯塔種的咖啡樹是常綠小喬木樹種，葉片較長，顏色亮綠，樹最高可達10米，但樹根卻很淺，果實為扁圓形，成熟時為紫色，種皮較薄，緊貼種仁，不易分離，豆身扁圓，中間坑紋直，飲用味濃而香。其栽培面積僅次於阿拉比卡種。
利比亞種分佈於利比里亞、馬來西亞、印度、印尼。其飲用風味濃烈，咖啡鹼含量中等，刺激性強，質量較差，栽培面積較小。
