港澳通行證有效期是5年。往來港澳通行證，俗稱雙程證，是由中華人民共和國出入境管理局簽發給中國內地居民因私往來香港或澳門地區旅遊、探親、從事商務、培訓、就業、留學等非公務活動的旅行證件。通行證分為個人旅遊、團隊旅遊、探親、商務、其他、逗留等種類。
法律依據：《中國公民因私事往來香港地區或者澳門地區的暫行管理辦法》第二十二條前往港澳通行證在有效期內一次使用有效。往來港澳通行證有效期五年，可以延期二次，每次不超過五年，證件由持證人保存、使用，每次前往香港、澳門均須按照本辦法第六條、第八條、第十條的規定辦理申請。
內地居民因私往來香港或澳門特別行政區旅遊、探親、從事商務、培訓、就業等非公務活動，向户口所在地的市、縣公安出入境管理部門提出申請。憑公安出入境管理部門簽發的往來港澳通行證及有效簽註前往。
2019年4月1日起，來港澳通行證、往來台灣通行證等出入境證件實行“全國通辦”，即內地居民可在全國任一出入境管理窗口申請辦理出入境證件，申辦手續與户籍地一致。
