年底雙薪可以按照年綜合所得來計算個人所得税，即把年底的雙薪和年度工資算入年綜合所得，按照年綜合所得減去起徵線減去專項附加扣除減去社保扣除再乘税率來計算應繳納的個人所得税。年底雙薪是指企業按照勞動合同和薪酬制度向員工個人多發放一個月工資（十三薪）。
年底雙薪的個人所得税計算：在實務中，計算“年底雙薪”需要區別以下兩種情形：1、只有年底雙薪，沒有年終獎等一次性獎金。年底雙薪可以按全年一次性獎金計税辦法計算個税，也可以根據籌劃，不選擇全年一次性獎金計税辦法，併入綜合所得，併入發放當月的工資薪酬，將“年底雙薪”除以12，按其商數確定適用税率和速算扣除數來計算繳納個人所得税。
2、既有年底雙薪又有年終獎等一次性獎金。根據國税發9號文第三條規定，在一個納税年度內，對每一個納税人，該計税方法只允許採用一次。
因此兩者選其一按全年一次性獎金計税辦法計算個税，另一個則併入發放當月的工資薪酬所得計税。當然也可以根據籌劃，將年底雙薪與年終獎合併，按全年一次性獎金計税辦法計算個税。
