安徽中醫藥大學創建於1959年，它的前身為1952年創立的安徽省中醫進修班(學校)。
1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中醫學院，由郭沫若先生題寫校名。
1970年，安徽中醫學院併入安徽醫學院。
2000年，安徽省醫藥學校併入安徽中醫學院。
2005年以良好成績順利通過國家教育部本科教學工作水平評估。
2009年學校以優異成績全國第三家通過國家教育部中醫學專業試點認證。
2011年，安徽省政府批准在安徽中醫學院的基礎上組建成立安徽省中醫藥科學院。
2013年，經中國教育部批准，安徽中醫學院升格更名為安徽中醫藥大學 。
2014年，學校成為安徽省高等教育振興計劃第二批“地方特色高水平大學建設”項目立項建設高校。
