去除水中的水黴菌，最好的方法就是換水、下鹽和升温，並加強魚缸的過濾。如果由魚感染上水黴病，最好是先用老三樣治療，在病情嚴重時，還能下點土黴素進行治療。水中的水黴菌太嚴重，還能下入專治水黴的藥物，或將水全部換掉。
要保持水質良好。首先檢查是不是水質出現了問題，發現水裏有水黴之後，要立刻給魚兒換水，如果還不是很放心，換了新水之後，每天都可以更換三分之一的水。
使用高錳酸鉀。發現魚缸有水黴之後，在魚缸裏直接灑入一些高錳酸鉀，注意加入的量要少，魚缸稍微粉紅色就要停止。
加入少量的海鹽。換完水之後可以在魚缸里加入少許的海鹽，千萬不要使用食用鹽，食用鹽中的碘會直接傷害魚兒，影響魚兒的正常活動。
