水性筆和油性筆主要區別在於使用的油墨，水性筆的油墨為純水性，紙對其的吸收性強。水性筆一般使用在吸收面上，即使塗在非吸收面上，也可以擦去，書寫在紙上一般沒有背痕。油性筆使用油墨為油性，難溶於水，不易褪色和化開，油性筆可在吸收面和非吸收面上書寫，且不易被擦去，在白紙上書寫，背面上有明顯的背痕，常常用在需要標記的場合。
水性筆優點是書寫手感與書寫質量好，缺點是墨水粘度小，書寫長度小，即同樣出墨量下能寫出的字較少。水性筆較油性筆無味，筆尖不易乾燥，其筆跡耐光但不耐水，遇到水會渲染開來，不慎摔過就很容易斷水。水性筆包括：鋼筆、普通水筆、中性筆、寶珠筆、走珠筆、簽字筆、熒光筆、白板筆、水彩筆。
油性筆優點是墨水粘度大，書寫長度大，即同樣出墨量下能寫出更多字；缺點是書寫手感與書寫質量不佳。油性筆包括：圓珠筆、記號筆、油漆筆、者喱筆。
此外還有中性筆，中油筆所用油墨性質介於水性筆和油性筆之間，保存時間較水性筆更長，遇水也不容易化開，但性質不如油性筆那麼穩定。當書寫一些需要保存的文檔時，常用到中油筆。
