區別是環境不同：專業型碩士在三年的學習中要在醫院的各個科室學習。學術型碩士大部分時間是在實驗室,但至少有半年的時間臨牀學習。方向不同：專業型碩士，未來方向是和病人直接接觸的醫生。而學術型碩士，主要培養方向是搞研究，朝醫學科學家的方向發展的。
專業性碩士其目的是培養具有紮實理論基礎，並適應特定行業或職業實際工作需要的應用型高層次專門人才。專業學位與學術型學位處於同一層次，培養規格各有側重，在培養目標上有明顯差異。
學術型學位按學科設立，其以學術研究為導向，偏重理論和研究，培養大學教師和科研機構的研究人員；而專業學位以專業實踐為導向，重視職業實踐和應用，培養在專業和專門技術上受到正規的、高水平訓練的高層次人才。
學術型碩士一般是指擁有學術型學位的人員，按學科設立，其以學術研究為導向，偏重理論和研究，培養大學教師和科研機構的研究人員為主。
中國學術型學位按招生學科門類分為哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、農學、醫學、軍事學、管理學、藝術學13大類，大類下面再分為88個一級學科，88個一級學科下面再細分為300多個二級學科，同時還有招生單位自行設立的760多個二級學科。
